O Selo da Loja é composto por simbolos e cores distintivos do Regime Escocês Retificado, com raizes que remontam a Tradição Templária e a História do Brasil. Dentro de um aro cor de ouro, de fundo branco, cercado por um circulo verde, está o mapa do Brasil também em verde. Este mapa remete ao nome da Loja: Respeitável Loja de São João “Vera Cruz”; O titulo “Terras de Vera Cruz” foi o primeiro nome dado pelos Portugueses ao desembarcarem no Brasil e portanto a primeira Loja Retificada no Brasil escolhe assim chamar-se para reverenciar este momento histórico. No centro do mapa está a cruz da Ordem dos Cavaleiros Benfeitores da Cidade Santa, em esmalte vermelho, símbolo da caridade que todos os Cavaleiros devem exercer a todo gênero humano, acredita-se inclusive que alguns Cavaleiros estiveram nas caravelas que no Brasil chegaram em 1500. Fixados ao centro da Cruz estão o Esquadro e o Compasso, em cor de ouro, que são os simbolos da Ordem Maçonica na posição tradicionalmente adotada pela Maçonaria Retificada simbolos da Retidão e Justiça que devem pautar a vida do Maçom Retificado.